Analisis Senyawa Aktif Daun Nimba (Azadirachta Indica) Terhadap Spike Protein dan Transmembrane Protease Serine-2 (Tmprss2) dalam Mencegah Perlekatan Sars-Cov-2 Secara in Silico

Abstract

Yannur Romadhana Sholawatus Sholehah, Fakultas Kedokteran, Universitas Islam Malang, November 2022. Analisis Senyawa Aktif Daun Nimba (Azadirachta indica) Terhadap Spike Protein dan Transmembrane Protease Serine-2 (TMPRSS2) Dalam Mencegah Perlekatan SARS-CoV-2 Secara in Silico. Pembimbing 1: Dini Sri Damayanti. Pembimbing 2: Yoni Rina Bintari.

Pendahuluan : Spike protein memiliki peran krusial dalam proses penetrasi SARS- CoV-2 pada sel inang. TMPRSS2 yang merupakan enzim sekaligus pintu masuk SARS-CoV-2, akan mengaktifkan protein spike untuk menempel dengan Angiotensin Converting Enzyme-2 (ACE-2). Ini menjadikan protein lonjakan dan TMPRSS2 target terapi yang baik untuk mencegah COVID-19. Senyawa aktif daun mimba (A. indica) diketahui memiliki aktivitas antivirus, namun mekanisme melawan COVID-19 belum pernah dipelajari, sehingga penelitian ini perlu dilakukan.

Metode : Penelitian komputasi in Silico dengan Molecular Docking (AutoDock Vina versi 1.5.6) dilakukan pada spike protein (6VXX) dengan bisoxatin sebagai kontrol dan TMPRSS2 (7MEQ) dengan cepharanthine sebagai kontrol. Sebanyak 20 senyawa aktif daun nimba (A. indica) ditambatkan serta dievaluasi parameter farmakodinamik serta kekuatan ikatan berdasarkan energi ikatan bebas, ikatan hidrogen serta kemiripan residu asam amino yang kemudian dievaluasi secara deskriptif.

Hasil : Quercetin merupakan senyawa terbaik yang sangat berpotensi untuk menghambat spike protein dan memiliiki kemiripan cara kerja seperti bisoxatin sebagai kontrol (∆G -6.9 kkal/mol, 60% dengan kemiripan ikatan hidrogen 100%). Nimbin merupakan senyawa terbaik yang dapat bekerja pada TMPRSS2 (∆G -8.8 kkal/mol, 27% dengan kemiripan ikatan hidrogen 0%) namun tidak memiliki kemiripan cara kerja seperti cepharanthine sebagai kontrol. Pada uji fisikokimia didapatkan seluruh senyawa aktif A. indica memenuhi parameter Lipinski’s Rule of Five. Sedangkan pada uji farmakokinetik hanya senyawa quercetin yang memenuhi parameter ADMET. Hal ini menunjukkan bahwa di antara quercetin dan nimbin, yang memiliki potensi untuk dapat dikembangkan sebagai pilihan terapi dalam mencegah perlekatan SARS-CoV-2 adalah quercetin.

Kesimpulan : Quercetin dapat mencegah perlekatan spike protein pada COVID- 19. Nimbin dapat berikatan dengan TMPRSS2 namun kurang dapat bekerja maksimal.

Kata Kunci : Spike protein, TMPRSS2, A. indica, in Silico