Analisis Senyawa Aktif Daun Nimba (Azadirachta indica) Terhadap Rdrp dan Mpro Dalam Mencegah Replikasi Sars-Cov-2 Secara In Silico

Abstract

Annisa Isfadhila Masduki, Fakultas Kedokteran, Universitas Islam Malang, Januari 2024. Studi In Silico: Potensi Senyawa Aktif Daun Nimba (Azadirachta Indica) Sebagai Antiviral Terhadap SARS-COV-2. Pembimbing 1 : Dr. dr. Dini Sri Damayanti, M.Kes., Pembimbing 2 : Andri Tilaqza, M.Farm., Apt.

Pendahuluan: Senyawa aktif yang terkandung pada Daun Nimba (Azadiracta indica) salah satunya terdapat senyawa yang memiliki potensi antivirus terhadap SARS-CoV-2. RNA-dependent RNA-polymerase (RdRp) dan Main protease (Mpro) merupakan protein penting dalam replikasi SARS-CoV-2. Namun screening senyawa aktif daun nimba dalam menghambat RdRp dan Mpro terhadap SARS-CoV-2 hingga saat ini belum pernah dilakukan hal ini betujuan untuk melihat aktivitas tersebut sehingga hal ini perlu dilakukan secra in silico.

Metode: Penelitian menggunakan metode in silico dengan aplikasi Autodock Tools versi 1.5.6 untuk menilai energi ikatan bebas dan konstanta inhibisi. Senyawa aktif A. indica didapatkan dari jurnal penelitian dan database Dr. Duke sedangkan protein target RdRp (ID:7BV2) dan Mpro (ID:7NBR) didapatkan dari website Protein Data Bank dengan native ligand Remdesivir dan Boceprevir. Visualisasi ikatan residu asam amino menggunakan BIOVIA Discovery Studio sedangkan prediksi fisikokimia, farmakokinetik dan toksisitas dengan website pkCSM.

Hasil: Pada daun nimba terdapat senyawa aktif yang memiliki tingkat afinitas terbaik pada RdRp yaitu Quecitrin (ΔG-5,70 kkal/mol, 66,77μM, 80%), Myricetin (ΔG-5,82 kkal/mol, 54,56μM, 20%), Hyperoside (ΔG-5,75 kkal/mol, 61,16 μM, 20%), dan Isomargolonone (ΔG-6,41 kkal/mol, 20,08 μM, 20%). Sedangkan yang memiliki afinitas terbaik terhadap Mpro yaitu Rutin (ΔG-7,68 kkal/mol, 2,34μM, 55,6%), Hyperoside (ΔG-7,06 kkal/mol, 6,71μM, 44,4%), Quercitrin (ΔG-8,17 kkal/mo, 1,02 μM, 33,3%) dan Isomargolonone (ΔG-7,75 kkal/mol, 2,10μM, 33,3%). Hasil pkCSM menunjukkan bahwa Myricetin dan Isomargolonone memenuhi kriteria Lipinski dan ADMET.

Kesimpulan: Senyawa aktif daun Quercitrin, Myricetin, Hyperoside, Rutin dan Isomargolonone memiliki potensi sebagai antivirus dalam mencegah replikasi SARS-CoV-2.

Kata Kunci : Antiviral; SARS-CoV-2; COVID-19; Azadirachta indica; in silico; RdRp; Mpro.