Penegakkan diagnosis infeksi bakteri dapat dilakukan secara cepat dengan metode isolasi DNA yang telah disederhanakan, seperti Heat Treatment yang merupakan metode ekstraksi DNA sederhana dan ekonomis, namun tingkat deteksi dan kuantifikasi terhadap Bacillus sp. masih belum diketahui. Penelitian ini bertujuan membandingkan kuantitas dan kualitas DNA dari Bacillus sp. dengan menggunakan metode ekstraksi Heat Treatment dan metode isolasi Filter Based Kit. Penelitian ini menggunakan metode penelitian eksperimen secara in vitro. Heat Treatment dibandingkan dengan Filter Based Kit berdasarkan Limit of Detection (LoD) and Limit of Quantification (LoQ). Analisa data menggunakan uji ANOVA serta uji Honesty Significant Diference (HSD). Yield DNA yang didapatkan Heat Treatment pada konsentrasi terbesar adalah 5 µg/ml, sedangkan dengan Filter Based Kit adalah 3.67 µg/ml. Nilai LoD Heat treatment dan Filter Based Kit adalah 1.61 µg/ml dan 5.72 µg/ml, sedangkan nilai LoQ Heat treatment dan Filter Based Kit adalah 4.87 µg/ml dan 17.34 µg/ml. Jumlah bakteri yang melebihi nilai LoD dan LoQ Heat treatment adalah 101 CFU/ml dan 104 CFU/ml, sementara LoD dan LoQ Filter Based Kit adalah >104 CFU/ml. Kuantitas DNA Bacillus sp. dengan metode Heat Treatment lebih baik dibandingkan dengan Filter Based Kit. Kualitas DNA Bacillus sp. baik dengan metode Heat Treatment maupun Filter Based Kit tidak baik.