Pendahuluan: Omeprazole merupakan generasi pertama sedangkan Lansoprazole generasi kedua pump proton inhibitor. Selama dekade terakhir, terdapat peningkatan penggunaan PPI yang berisiko meningkatkan efek samping. Penekanan asam kronis dengan PPI jangka panjang memfasilitasi pertumbuhan bakteri di usus kecil dan berkontribusi pada migrasi mikroflora kolon. Lactobacillus merupakan flora normal pada saluran pencernaan manusia yang memproduksi antimikroba. Systematic literature review ini bertujuan mengetahui efek penggunaan omeprazole dan lansoprazole terhadap Lactobacillus sp. Metode: Systematic Literature Review mengenai efek penggunaan omeprazole dan lansoprazole terhadap Lactobacillus sp yang dilakukan pencarian melalui database Pubmed, ScienceDirect, dan Google Scholar dengan memasukkan kata kunci berupa Omeprazole, Lansoprazole, Lactobacillus sp. Jurnal dipilih sesuai kriteria inklusi dan kriteria eksklusi yang telah ditetapkan. Hasil: Pencarian dengan menggunakan kata kunci dan menyeleksi berdasarkan kriteria inklusi serta kriteria eksklusi didapatkan sejumlah 13 jurnal. Sepuluh jurnal yang membahas tentang omeprazole didapatkan enam jurnal yang signifikan terhadap Lactobacillus sp. Sedangkan dari tiga jurnal lansoprazole didapatkan tiga jurnal yang signifikan terhadap Lactobacillus sp. Kesimpulan: Tidak ada perbedaan efektivitas dalam penggunaan omeprazole dan lansoprazole terhadap Lactobacillus sp.