Pendahuluan: Penegakan diagnosis sepsis bakteri E. coli membutuhkan waktu cepat dan hasil akurat dengan metode PCR yang memerlukan metode ekstraksi DNA seperti metode Filter Based Kit yang sering digunakan, namun bersifat single use dan mahal. Alkaline Lysis adalah penyederhanaan metode ekstraksi DNA, namun belum diketahui dapat menghasilkan ekstrak DNA yang lebih baik dari Filter Based Kit. Penelitian ini bertujuan untuk membandingkan hasil ekstraksi DNA dari metode Filter Based Kit dengan Alkaline Lysis berdasarkan kualitas dan kuantitas DNA. Metode: Penelitian in vitro ini dilakukan dengan membandingkan kualitas dan kuantitas hasil ekstraksi DNA menggunakan metode Filter Based Kit dengan Alkaline Lysis pada konsentrasi E. coli sebesar 108 dan 1012 CFU/ml dan dengan kontrol Normal Saline tanpa bakteri. Pengukuran kualitas dan kuantitas DNA dilakukan menggunakan NanoDrop spectrophotometer pada λ=260 nm dan 280 nm. Analisa data statistik dilakukan menggunakan metode uji ANOVA dan uji post hoc dengan LSD. Dianggap signifikan jika p kurang dari 0,05. Hasil: Hasil kemurnian metode Filter Based Kit sama dengan metode Alkaline Lysis pada konsentrasi 1012 CFU/ml, namun pada konsentrasi 108 CFU/ml kemurnian Filter Based Kit lebih baik daripada Alkaline Lysis. Hasil kemurnian DNA pada kedua metode dapat dikatakan baik apabila dalam rentang 1,6-2,0. Sedangkan hasil kuantitas metode Filter Based Kit dapat menghasilkan kuantitas DNA yang baik sedangkan Alkaline Lysis tidak mampu menghasilkan kuantitas DNA yang baik. Kuantitas DNA dikatakan baik apabila jumlah DNA > 20 µg/ml. Kesimpulan: Metode Filter Based Kit menghasilkan DNA dengan kualitas dan kuantitas yang lebih baik daripada Alkaline Lysis. Kata Kunci: Ekstraksi DNA, filter-based kit, alkaline lysis, Escherichia coli