Pendahuluan: Prevalensi kasus kandidiasis invasif oleh Candida albicans) masih menjadi permasalahan yang penting. Penegakan diagnosis kandidiasis menggunakan preparat kultur membutuhkan waktu yang lama. Polymerase Chain Reaction (PCR) merupakan metode diagnosis yang cepat berbasis Deoxyribonucleic Acid (DNA). Metode isolasi DNA yang umum digunakan adalah Filter Based Kit (FBK), namun, terdapat metode lebih sederhana yaitu Alkaline Lysis (AL) dan Heat Treatment (HT). Penelitian ini bertujuan mengetahui perbandingan kuantitas dan kualitas isolasi DNA C. albicans dengan menggunakan metode AL dan HT dibandingkan dengan FBK. Metode: Penelitian ini merupakan eksperimental laboratorium in vitro. Kuantifikasi C. albicans dilakukan dengan haemocytometer dan didapatkan jumlah stok sampel 109 sel/mL. Metode FBK, AL, dan HT dilakukan pada konsentrasi 108, 109 sel/mL dan normal saline (NS). Perhitungan kuantitas dan kualitas DNA dilakukan menggunakan Spektrofotometer NanoDrop. Analisa statistik menggunakan One Way Analysis of Variance (ANOVA) dan Least Significant Difference (LSD) pada SPSS versi 22.0. Hasil: Hasil kuantitas DNA C. albicans pada konsentrasi 109 sel/mL terhadap kontrol pada metode FBK, AL, HT yaitu 61,60±3,78, 8,20±1,92, 165±1,58, dan berbeda signifikan (p< 0.05). Sedangkan pada konsentrasi C. albicans 108 sel/mL terhadap kontrol, kuantitas DNA metode FBK, AL, HT yaitu 2,60±0,54, 3,40±1,14, dan 36,8±5 µg/mL, dan berbeda signifikan (p< 0.05). Kualitas DNA (A260/A280) konsentrasi C. albicans 109 sel/mL terhadap kontrol pada metode FBK, AL, HT 1,87±0,05, 0±0, dan 1,35±0,05 dan berbeda signifikan (p< 0.05). Demikian pula pada konsentrasi DNA C. albicans 108 sel/mL 2,10±0,54, 0±0, dan 1,80±0,54 µg/mL. Kesimpulan: Isolasi DNA C. albicans metode HT menghasilkan kuantitas dan kualitas DNA yang lebih baik bila dibandingkan metode FBK dan AL. Kata Kunci: Isolasi DNA; Polymerase Chain Reaction; diagnosis.