Pendahuluan: Aspergillus niger (A. niger) penyebab Chronic Pulmonary Aspergillosis (CPA) yang deteksinya dengan kultur membutuhkan waktu yang lama. Metode deteksi cepat dengan PCR memerlukan isolat DNA dengan kuantitas dan kualitas yang memadai dan umumnya diperoleh dengan ifilter based kit (FBK). Metodeiisolasi DNAi yang sederhana, mudah dan murah perlu dikembangkan, namun analisa perbandingannya belum ada sehingga perlu dilakukan. Metode: Penelitian eksperimental in vitro dengan A. niger yang dikuantifikasi dengan haemocytometer. Sampel jumlah selnya 109, 104 sel/ml dan kontrol normal saline (NS). Isolasi DNA dilakukan dengan metode heat treatment (HT), alkaline lysis (AL) dan FBK. Hasil isolat DNA dilakukan perhitungan kuantitas dan kualitas DNA dengan spektrofotometer nanodrop. Data dianalisis dengan One Way ANOVA, LSD, Kruskal Wallis, dan Mann Whitney (p<0,05). Hasil: Pada 109 sel/ml, urutan peroleh kuantitas DNA dari terbaik ke terburuk (p<0,05) adalah HT>FBK>AL (194,8 – 10,6 µg/ml), sedangkan untuk kualitas A260/280 (p<0,05) adalah AL>FBK>HT dengan rentang (1,80 – 1,26), dan kualitas A260/230 (p<0,05) adalah AL>HT>FBK (0,85 – 0,32). Pada jumlah sel 104 sel/ml, urutan kuantitas DNA (p<0,05) adalah HT>FBK>AL (12,8 – 0,2 µg/ml), sedangkan untuk kualitas A260/280 (p>0,05) adalah FBK=HT=AL (1,90 – 1,50), dan kualitas A260/230 (p<0,05) adalah HT>FBK>AL (0,46 – 0,02). Pada NS, urutan perolehan kuantitas secara signifikan adalah HT>FBK=AL (4 – 0 µg/ml), dengan tidak ada perbedaan kualitas A260/280, namun untuk kualiats A260/230 (p<0,05) adalah HT>FBK=AL (0,59 – 0). Kesimpulan: Kuantitas DNA terbaik pada konsentrasi 109 dan 104 sel/ml adalah metode HT, sedangkan kualitas DNA terbaik pada konsentrasi 109 sel/ml adalah pada metode AL dan pada konsentrasi 104 sel/ml adalah FBK. Kata Kunci: Aspergillus niger; Filter Based Kit; Alkaline Lysis; Heat Treatment; Kuantitas DNA; Kualitas DNA.