Pencemaran perairan laut Ngemboh disebabkan oleh masuknya zat asing secara terus-menerus yang berasal dari aktivitas manusia disekitar pesisir sehingga meningkatkan nilai parameter kualitas air. Selain itu, di perairan laut Ngemboh juga terdapat area reklamasi yang dikhawatirkan efek sedimentasi yang ditimbulkan dapat menambah pencemaran. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui hubungan antara kualitas air dengan struktur komunitas fitoplankton di perairan laut Ngemboh. Penelitian ini dilakukan pada bulan Maret tahun 2021. Desain penelitian ini adalah deskriptif dan metode penentuan lokasi secara Purposive, yaitu sekitar hutan mangrove (stasiun A) dan kawasan reklamasi (stasiun B). Parameter fisika-kimia yang diamati adalah suhu, pH, DO, nitrat, salinitas, kecerahan, TDS, CO terlarut. Pengambilan sample fitoplankton menggunakan metode penuangan (pouring) secara vertikal. Hasil pengukuran parameter fisika-kimia perairan masih dalam kategori baku mutu air untuk biota laut kecuali nitrat dan parameter TDS hasilnya nihil. Tingginya kadar nitrat di stasiun A menyebabkan tingginya kelimpahan fitoplankton yang ditemukan terutama di titik sampling A1. Hasil pengamatan didapatkan fitoplankton sebanyak 9 kelas dan 35 genus di perairan Ngemboh dengan kelas paling banyak adalah Bacillariophyceae serta genus paling banyak ditemukan adalah Chlorella total 184250 ind/L dan Coelastrum total 102000 ind/L. Hasil analisis PCA menunjukkan terdapat hubungan positif dengan parameter suhu, kecerahan, nitrat, dan CO terlarut terhadap struktur komunitas fitoplankton. Hasil analisis korelasi pearson menunjukkan parameter suhu berkorelasi positif sangat kuat, serta parameter kecerahan, CO terlarut dan nitrat berkorelasi positif kuat terhadap struktur komunitas fitoplankton. Hasil uji Cluster perairan Ngemboh dibedakan menjadi 3 kelompok yaitu Cluster 1 di lokasi A2,B2,B3; Cluster 2 di lokasi A3,B1 dan Cluster 3 di lokasi A1. Kata Kunci : Kualitas Air, Perairan Ngemboh, Fitoplankton, Parameter Fisika-Kimia