Kematian ikan pra panen banyak dijumpai pada tambak budidaya sistem polikultur udang vannamei dan ikan bandeng di Kecamatan Duduksampeyan. Hal ini diduga disebabkan oleh menurunnya kualitas air. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengevaluasi kualitas air berdasarkan parameter fisika-kimia dan struktur komunitas plankton di perairan tambak udang vannamei (Litopenaeus vannamei) dan ikan bandeng (Chanos chanos). Penelitian dilaksanakan pada Februari sampai Maret 2021 di Kecamatan Duduksampeyan menggunakan metode purposive sampling dari 3 stasiun yaitu tambak udang vannamei (stasiun 1), tambak ikan bandeng (stasiun 2) dan tambak polikultur (stasiun 3) di 3 titik sampling yang berada di inlet/outlet, tengah dan tepi. Analisis data menggunakan uji ANOVA dilanjutkan Uji Tukey untuk membandingkan data dari ketiga stasiun. Data selanjutnya dianalisis korelasi, biplot dan cluster untuk mengetahui hubungan antara parameter lingkungan dengan plankton. Hasil pengukuran diperoleh nilai yang optimum untuk perikanan terkecuali salinitas dan padatan tersuspensi pada ketiga stasiun, kecerahan pada stasiun 3 dan padatan terlarut pada stasiun 2. Stasiun 1 ditemukan 8 kelas dengan 17 genus, stasiun 2 terdapat 8 kelas dengan 11 genus dan stasiun 3 terdapat 7 kelas dengan 14 genus. Genus yang paling banyak ditemukan pada stasiun 1 yaitu Synechocystis, Spirulina, stasiun 2 Synechocystis, Pandornia, Chaetoceros dan stasiun 3 yaitu Synechocystis, Pandornia, Spirulina. Nilai indeks diversitas berkisar antara 1.7 – 3.1 ind/L yang menunjukkan keanekaragaman sedang sampai tinggi. Aktivitas manusia seperti pemukiman, peternakan dan pertanian diduga menjadi penyebab menurunnya kualitas air menjadi eutrofik hingga hipereutrofik (TDI). Hubungan antara plankton dengan parameter lingkungan menunjukkan bahwa pada stasiun 3 menunjukkan kondisi perairan yang optimum untuk kegiatan budidaya yang ditunjukkan dengan banyaknya plankton yang dominan pada stasiun 3. Kata Kunci: Fisika-Kimia, Indeks Keanekaragaman, Kualitas Air, Plankton