Studi In Silico: Potensi Senyawa Aktif Gracilaria Sp. dalam Menghambat Protein Target Penicillin Binding Protein (PBP) pada Bakteri Escherichia coli

Abstract

Pendahuluan: Gracillaria verrucosa (alga merah) berpotensi sebagai antibakteri untuk Escherichia coli dengan menghambat penicillin binding protein (PBP). PBP merupakan protein bakteri yang berfungsi dalam sintesis dinding bakteri. Eksplorasi potensinya melalui pendekatan In silico meliputi prediksi sifat fisikokimia, profil farmakokinetik, dan penghambatan terhadap PBP1b dan PBP3. Penghambatan pada protein tersebut akan menghambat sintesa dinding bakteri Escherichia coli. Metode: Uji in silico dilakukan penambatan pada 25 senyawa G.verrucosa yang memiliki aktivitas antibakteri secara in vitro. Penambatan dilakukan pada protein PBP1b dan PBP3 menggunakan Pyrx Autodock Vina dengan kontrol Moenomycin dan Monobactam AIC499. Visualisasi protein dan ligan menggunakan BIOVIA discovery studio. Prediksi sifat fisikokimia (Lipinski's Rule of Five) serta parameter ADME dan toksisitas menggunakan pkCSM online tools.

Hasil: Pengujian docking In silico 25 senyawa G.verrucosa tidak menunjukkan energi ikatan bebas yang lebih baik daripada kontrol. Terdapat satu senyawa aktif G.verrucosa yang memiliki afinitas yang baik mendekati kontrol terhadap PBP3, yaitu 2,2-diphenyl-2-hydroxy acetic acid. Energi bebas yang dimiliki oleh senyawa tersebut terhadap PBP3 sebesar -6,7 kcal/mol dengan ikatan hidrogen pada THR497, SER307, dan LYS358. Prediksi sifat fisikokimia senyawa aktif G.verrucosa memenuhi kriteria Lipinski rule of five, dan prediksi profil ADMET menunjukkan potensinya sebagai kandidat obat.

Kesimpulan: Berdasarkan hasil penambatan senyawa aktif G.verrucosa diprediksi memiliki aktivitas antibakteri yang lebih lemah dibandingkan dengan kontrol.

Kata Kunci: Escherichia coli, Gracilaria verrucosa., Moenomyin, Monobactam AIC499, Penicillin Binding Protein (PBP), ADMET, In Silico