Potensi Antibakteri Senyawa Aktif Alga Merah (Gracilaria sp.) dalam Menghambat Peptide Deformylase pada Bakteri Escherichia coli dan Staphylococcus Aureus dengan Pendekatan Molecular Docking

Abstract

Pendahuluan: Meningkatnya resistensi antibiotik terhadap bakteri E. coli dan S. aureus menyebabkan perlunya ditemukan antibiotik dengan protein target baru. Peptide Deformylase (PDf) merupakan kandidat protein target baru karena berperan penting dalam deformasi N-formylmethionine pada polipeptida yang baru disintesis oleh bakteri. Gracilaria verrucosa merupakan alga merah yang diketahui memiliki aktivitas antibakteri. Namun, kemampuannya dalam menghambat PDf belum diketahui. Penelitian ini melakukan eksplorasi potensi senyawa aktif Gracilaria verrucosa terhadap PDf dengan pendekatan In silico.

Metode: Penelitian ini dilakukan dengan menambatkan struktur 3D dari 25 senyawa Gracilaria verrucosa terhadap protein PDf E. coli (1G2A) dan PDf S. aureus (1Q1Y) dengan kontrol Actinonin. Penambatan dilakukan dengan menggunakan software PyRx dan hasil visualisasi penambatan menggunakan software BIOVIA Discovery Studio. Serta, prediksi profil fisikokimia dan farmakokinetik dengan parameter ADME dan toksisitas melalui website pkCSM.

Hasil: Palatinol IC memiliki penghambatan terhadap PDf E. coli dan S. aureus yang paling berpotensi. Namun, senyawa tersebut memiliki energi ikatan bebas (∆G) yang masih lebih lemah dibandingkan dengan kontrol yakni Actinonin. Penghambatan Palatinol IC terhadap PDf E. coli sebesar -6.5 (kcal/mol) dan S. aureus sebesar -6.1 (kcal/mol). Palatinol IC memiliki kesamaan residu asam amino yang terikat pada PDf dengan actinonin terhadap E. coli sebesar 50% dan S. aureus 40%. Prediksi profil fisikokimia senyawa Palatinol IC memenuhi kaidah Lipinski Rule of Five. Prediksi profil farmakokinetik dari Palatinol IC diketahui berpotensi sebagai antibiotik oral.

Kesimpulan: Dari 25 senyawa aktif Gracilaria verrucosa yang paling berpotensi untuk menghambat PDf E. Coli dan S. aureus adalah senyawa Palatinol IC.

Kata Kunci: Antibakteri, Gracilaria verrucosa, Actinonin, Peptide Deformylase, In silico