Potensi Senyawa Fitokimia Cladophora sp. dalam Menghambat Protein Target PBP1b dan PBP2 Escherichia coli Secara In Silico

Abstract

Pendahuluan: Escherichia coli bakteri komensal usus besar yang berpotensi menyebabkan infeksi. Lebih dari 50% kasus infeksi saluran kemih (ISK) bersumber dari E. coli. Penicillin Binding Protein seperti PBP1b dan PBP2 pada E. coli berfungsi sebagai enzim yang mengkatalisasi pembentukan dinding sel. Beberapa penelitian menunjukkan ekstrak dari Cladophora sp. memiliki efek antibakteri terhadap E. coli namun mekanismenya belum diketahui. Skrining fitokimia ekstrak kloroform memiliki ZOI yang lebih besar dibandingkan dekokta. Penelitian ini mencari senyawa fitokimia dari Cladophora sp. yang dapat berikatan dengan kedua protein melalui studi in silico agar memperoleh kandidat obat baru.

Metode: 31 senyawa Cladophora sp. dilakukan uji In silico dengan dilakukan penambatan pada protein PBP1b dan PBP2 menggunakan program Pyrx Autodock Vina dengan kontrol Moenomycin dan CPD4. Visualisasi protein dan ligan menggunakan BIOVIA discovery studio. Prediksi profil farmakokinetik dan sifat fisikokimia menggunakan pkCSM online tools.

Hasil: Cladophora sp. memiliki 11 senyawa yang memiliki nilai energi ikatan yang melebihi kontrol Moenomycin sebesar ∆G -7,4 kcal/mol dan 6 senyawa pada kontrol CPD4 sebesar ∆G -7,1 kcal/mol. Terdapat 4 senyawa terbaik yang dapat berikatan dengan PBP1b dan PBP2.

Kesimpulan: Senyawa fitokimia Cladophora sp. memiliki ikatan terhadap protein PBP1b dan PBP2 sehingga berpotensi menjadi calon obat antibakteri yang baru.

Kata Kunci: Cladophora sp., Escherichia coli, PBP1b, PBP2, CPD4, Moenomycin, ADMET, In Silico