Tujuan Penelitian ini adalah: (1) Analisa Nilai-nilai toleransi yang ada di SMA Selamat Pagi Indonesia Kota Batu (2) Analisa Proses internalisasi nilai-nilai toleransi pada pelajaran PAI di SMA Selamat Pagi Kota Batu. (3)Analisa Sikap toleransi peserta didik setelah internalisasi melalui pembelajaran PAI di SMA Selamat Pagi Indonesia Kota Batu. Dalam Penelitian ini Metode yang di gunakan merupakan jenis penelitian kualitatif dengan pendekataan studi kasus. Teknik Pengumpulan Datanya menggunakan beberapa metode: (1) Metode Observasi; (2) Metode Wawancara; (3) Metode Dokumentasi. Teknik analisis data yang digunakan adalah teknik analisis data kualitatif oleh Spradley.(Basrowi & Suwandi,2008) dan Pengecekan keabsahan datanya menggunaka Trianggulasi Sumber:(1)Observasi;(2) Wawancara; (3) Dokumentasi. Hasil temuan penelitian dalam penelitian ini adalah: 1) Nilai-nilai Toleransi yang ada dan berkembang di SMA Selamat Pagi Indonesia Kota Batu adalah: (1) Nilai toleran dalam bentuk menerima perbedaan latar belakang agama dan saling menghormati dan menghargai perbedaan; (2) Nilai Kejujuran dalam bentuk: mengakui kesalahan, Mengakui dan menyadari sebuah pelanggaran yang memang dilakukan, dan Menjalankan tanggung jawab dengan baik dan benar; (3) Nilai Kedamaian dan kemanusian dalam bentuk rukun dalam perbedaan dan tidak terlalu mengedepankan perbedaan; (4) Nilai Kepedulian dalam bentuk: menggantikan tugas teman yang berhalangan atau sedang melaksanakan ibadah dan senantiasa memikirkan kondisi orang lain; (5) Nilai Keadilan dalam bentuk penerapan peraturan asrama yang merata dan tidak pandang bulu, dan memepertimbangkan tingkat pelanggaran dan kondisi peserta didik dalam memberlakukan hukuman; (6) Nilai Sosial / Kerjasama dalam bentuk: peserta didik yang tidak seagama bertindak sebagai panitia dalam suatu peringatan hari besar agama tertentu. 2) Proses Internalisasi Nilai-nilal Toleransi pada Pelajaran PAI di SMA Selamat Pagi Kota Batu dapat dilihat pada ranah (a) moral knowing, dapat dilihat dalam hal: (1) Strategi Kelembagaan, yang diwujudkan dalam visi, misi, dan tujuan sekolah, serta disampaikan dalam orientasi; (2) Pendekatan Pembelajaran; yang diimplementasikan melalui pendekatan kontekstual, pendekatan konstruktivisme, pendekatan deduktif-induktif, pendekatan proses dan pendekatan saintifik. 3) Metode Pembelajaran, melalui metode nasehat dan diskusi. 4) Strategi Pembelajaran dalam bentuk: strategi tradisional, strategi bebas, dan strategi evaluasi/refleksi. (b) moral feelling dalam bentuk: a) Membentuk lingkungan moral yang demokratis, dengan ditandai adanya fasilitas tempat ibadah bagi semua agama, Pembelajaran yang komunikatif, b) Membentuk disiplin moral yang tinggi, yang ditandai dengan adanya peraturan yang dilaksanakan, diawasi dan dilakukan penindakan secara ketat dan disiplin. (c) moral action yang diwujudkan dalam bentuk: (1) memberikan pengajaran dan keteladanan; dan (b) strategi integratif antara efektifitas pembelajaran, penerapan dalam kehidupan sehari-hari, dan pemberdayaan alumni. 3) Sikap Toleransi Peserta Didik Setelah Internalisasi Nilainilai Toleransi Melalui Pembelajaran PAI di SMA Selamat Pagi Indonesia Kota Batu dapat terlihat dari fakta: (1) Kualitas Wawasan Toleransi; (2) Kualitas Kepedulian terhadap sesama; (3) Kualitas Interaksi Sosial; dan (4) Kualitas Rasa Persatuan (Ukhuwwah).