Dalam mewujudkan misi pendidikan Islam untuk membentuk peserta didik yang berkarakter Islami serta mengamalkan nilai-nilai pendikan Islam dalam kehidupannya, maka pembelajaran pendidikan agama harus selalu diupayakan untuk menyampaikan nilai-nilai pendidikan Islam pada perseta didik, dan mewujudkan peserta didik menjadi pribadi yang berkarakter islami. Akan tetapi, nilai-nilai pendidikan islam juga dapat disampaikan dan diwujudkan melaui pembiasaan pada budaya sekolah islami agar peserta didik tidak hanya paham tentang nilai pendidikan Islam secara teori saja tapi juga dibarengi dengan pengaplikasian nya yang di wujudkan dalam budaya sekolah. Oleh karena itu di MTsN Kota Batu menerapkan banyak budaya sekolah yang mengandung nilai-nilai pendidikan islam dengan tujuan pembiasaan agama bagi siswa. Berdasarkan permasalahan diatas, tujuan penelitian ini adalah untuk: (1) mendeskripsikan nilai-nilai pendidikan islam yang ditanamkan di MTsN Kota Batu, (2) mendeskripsikan proses implementasi nilai-nilai pendidikan islam dalam membentuk budaya sekolah di MTsN Kota Batu, (3) mendeskripsikan model pembentukan budaya sekolah di MTsN Kota Batu. Penelitian ini menggunakan jenis penelitian kualitatif deskriptif. Teknik pengumpulan data yang digunakan dalam penelitian ini adalah observasi, wawancara serta dokumentasi. Data dianalisis dengan cara mereduksi data, penyajian data, serta penarikan kesimpulan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa: 1) Penerapan budaya sekolah yang ada di MTsN Kota Batu diantaranya adalah sebagai berikut: pembiasaan saling menghargai dan menghormati antar sesama, mempercantik ruang kelas, bercocok tanam, membuat karya-karya yang ditempel di madding, selalu berangkat kesekolah tepat waktu, tidak ribut saat jam pelajaran sedang berlangsung, pembiasaan izin saat hendak keluar pada saat jam pelajaran sedang berlangsung, menyediakan kantin kejujuran. 2) terdapat nilai-nilai pendidikan Islam pada budaya sekolah yang diterapkan di MTsN Kota Batu diantaranya yaitu, Toleransi, disiplin, jujur, kreatif, tanggung jawab sesuai dengan teori yang dipaparkan oleh zulkarnain.