Pembelajaran di masa pandemi covid-19 dilakukan secara online dengan memanfaatkan teknologi yang telah berkembang. Seorang guru dalam kegiatan pembelajaran online bertugas sebagai fasilitator dan inovator untuk menentukan model atau media yang akan digunakan selama pembelajaran. Penelitian ini merupakan penelitian terkait inovasi pembelajaran yang dilakukan guru PAI MAN 1 Kota Malang dalam Meningkatkan motivasi siswa selama pembelajaran di masa pandemi covid-19. Penelitian ini berfokus pada inovasi pembelajaran online, pelaksanaan dari inovasi pembelajaran, dan bagaimana dampak inovasi tersebut terhadap motivasi siswa kelas XI MAN 1 Kota Malang. Sedangkan tujuan dari penelitian ini untuk mengetahui inovasi yang digunakan guru PAI dalam pembelajaran onlien beserta implementasinya, dan dampak terhadap motivasi belajar siswa. Metode penelitian yang digunakan adalah kualitatif dengan jenis penelitian studi kasus. Pengumpulan data dalam penelitian ini menggunakan observasi pada kegiatan pembelajaran online, wawancara kepada beberapa guru PAI, waka kurikulum, dan sebagian siswa kelas XI MAN 1 Kota Malang, serta dokumentasi dengan beberapa data pembelajaran online. Adapun teknik analisis datanya dengan melakukan reduksi data (data condensation), penyajian data (data dsiplay), dan penarikan kesimpulan (Conclusion: drawing/varifying). Hasil dari penelitian ini menunjukkan bahwa inovasi yang digunakan guru PAI MAN 1 Kota Malang adalah dengan menggunakan model pembelajaran daring yang dikolaborasikan dengan model pembelajaran kooperatif dengan diskusi kelompok, pembelajaran mandiri dengan materi pdf/ebook yang telah diberikan guru melalui e-learning, dan tugas terstruktur dengan pemberian tugas. Sedangkan media pembelajaran online yang digunakan berbasis audio-visual dan komputer, seperti e-learning dari kemenag, Zoom, Wa grub, dan lainnya. Dan keadaan motivasi siswa kelas XI MAN 1 Kota Malang dalam pembelajaran online mengalami penurunan, sehingga para guru PAI harus menggunakan upaya lainnya untuk tetap menumbuhkan motivasi siswa seperti memberikan reward bagi siswa yang rajin dan aktif selama pembelajaran dan memberikan ancaman terhadap siswa yang bermasalah dengan menghubungi orangtua mereka atau tidak memberikan nilai pada pelajaran tersebut. Kata Kunci: Inovasi Pembelajaran, Pendidikan Agama Islam, Motivasi