Islam sering muncul ke permukaan dengan wajah yang tidak ramah dan terkesan berseberangan dengan multikulturalisme. Padahal sesungguhnya, Multikulturalisme merupakan bagian penting dari ajaran Islam. Nilai-nilai multicultural berjalan beriringan dengan nilai-nilai ajaran Islam. Implementasi dan praktik multikulturalisme di dunia pendidikan Islam telah berjalan dalam kehidupan alamiah masyarakat pesantren. Disertasi ini hendak mendeskripsikan, menganalisa, dan menginterpretasi fenomena kehidupan sosial-kultural seorang kiai dan masyarakat pesantren berdasarkan data empirik yang diperoleh di lapangan tentang: i) Nilai-nilai Multikultural dalam Pesantren, ii) Desain Pengembangan Nilai-nilai Multikultural yang dilakukan Kiai, iii) Model Pengembangkan Nilai-nilai Multikultural di Pondok Pesantren Amanatul Ummah Pacet yang dilakukan Kiai, Mojokerto. Adapun pendekatan yang digunakan dalam penelitian ini adalah kualitatif dengan jenis fenomenologi. Teknik pengumpulan data dilakukan melalui observasi, baik observasi partisipan maupun persisten, wawancara mendalam serta dokumentasi. Penentuan sumber data dilakukan dengan natural dan dinamis menggunakan pola snowball sampling (bola salju). Sedangkan teknik analisis data menggunakan model Miles dan Huberman yaitu; kondensasi data, display data dan terakhir menarik kesimpulan atau verifikasi. Adapun hasil penelitian ini adalah pertama, menemukan sejumlah nilai multicultural yang berkembang di Pondok Pesantren Amanatul Ummah; Nilai Kebersamaan; Nilai Toleransi dalam Keragaman; Nilai Kerjasama; Nilai Kasih Sayang; Nilai Musyawarah; Nilai Keadilan; Nilai Demokrasi; Nilai Menghilangkan Kecurigaan (prejudice reduction); dan Nilai Kesetaraan. Kedua, Sosok kiai menjadi desainer dalam pengembangan nilai-nilai multikultural di pesantren dengan cara mempertahankan spiritualitas yang menjadi ciri khas pesantren serta mengembangkan jejaring pendidikan dengan konsep pendidikan maju dan progresif, sehingga interaksi santri dan dunia luar terjalin dengan dinamis. ketiga, model pengembangan nilai-nilai multikultural kiai; terdapat sebuah pola, yaitu: membentuk komunitas multikultural—menghindari konflik sektarian—menangkal ideologi radikal. Dari model pengembangan nilai-nilai multikultural kiai ini akan dimunculkan teori tentang “Kiai Multikultural” Hasil penelitian ini diharapkan memperkaya khazanah pendidikan Islam terutama tentang pengembangan Pendidikan Islam Multikultural ditinjau dari sudut pandang institusi kepemimpinan tradisional kiai, sehingga wacana tentang multikulturalisme dalam Islam akan terus berkembang. Hasil penelitian ini juga dapat menjadi acuan bagi instansi terkait, baik Kementerian Agama (KEMENAG) atau Badan Nasional Penggulangan Terorisme (BNPT) dalam mengembangkan pendidikan yang toleran serta menangkal radikalisme.