Pesantren merupakan lembaga pendidikan Islam yang memiliki karakteritik multikultural. Paran santri yang belajar dipesantren pada umumnya berasal dari berbagai daerah di Indonesia bahkan negara lain dengan beragam suku, ras, budaya,bahasa, dan latar belakang keluarga dari social ekonomi yang berbeda-beda. Dalam pesantren juga terdapat varian system pendidikan mulai dari pendidikan formal, nonformal, dan informal. Berbagai keragaman yang ditangani oleh Lembaga pendidikan pesantren, tidak jarang menimbulkan berbagai fenomena terjadinya konflik antar santri maupun konflik di dalam lingkungan pesantren yang dapat berdampak kepada masalah sosial meluas tanpa dasar pendidikan berkeadaban berlandaskan budaya, kewarganegaraan, masyarakat dan pendidikan Islam yang multikultural. Sehingga dibutuhkan formula atau pendekatan resolusi konflik dalam menyelesaikan dan membangun solusi yang kontruktif melalui pemahaman, sikap dan perilaku saling menghargai dalam penanaman nilai-nilai pendidikan Islam multikultural yang sudah dikembangkan di pondok pesantren. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis dan menemukan landasan nilainilai, proses pembelajaran dan model pendidikan pesantren dalam pembelajaran keagamaan Islam multikultural sebagai resolusi konflik santri di pesantren Nurul Islam Antirogo dan pesantren al-Qodiri Jember. Penelitian ini menggunakan pendekatan kualitatif, jenis studi kasus dengan rancanagn multisitus. Pengumpulan data menggunakan wawancara mendalam,observasi partisipan dan studi dokumen. Analisis data menggunakan interactive analysis model Miles & Huberman dari analisis situs tunggal dilanjutkan lintas situs. Teknik pengecekaan keabsahan data digunakan credibility dengan menggunakan trianggulasi data dan sumber, dependenability, conformability, dan transformability Hasil penelitian menunjukkan (1)landasan nilai-nilai (a) Pengenalan ma’had dan ta’aruf untuk saling menghormati, menerima dan menguatkan persamaan bukan perbedaan dengan nilai budaya kewarganegaraan Indonesia yang multikultural berintikan civic virtue (ukhuwah Islamiyah, wathoniyah dan basyariyah) (b)Islam rahmatan lil alamin sebagai agama kasih sayang, keselamatan, dan damai, (c) nilai-nilai keaswajaan tawassuth (moderat), tawazun (seimbang), tasamuh (toleransi), ta’awun (membantu), husnudlan (baiksangka) dan i’tidal (adil) dalam proses pendidikan keagamaan Islam multikultural dan pemecahan masalah/konflik santri. Penyebab konflik santri adanya faktor kesulitan membangun hubungan baru dengan perbedaan. Pendekatan resolusi konflik mengembangkan dari Levin yaitu mengurai masalah, memecahkan masalah, menghapus/menghilangkan masalah, menbangun islah,dan mengembangkan kebersamaan (2) Proses pembelajaran (a) mengacu pada visi misi pesantren berbasis multikultural, (b) merancang, menerapkan dan mengevaluasi pembelajaran memperhatikan 5 pilar belajar santri dan 4 pilar keragaman pembelajaran di pesantren (Pendidik, santri, kurikulum, dan nilai-nilai keaswajaan), (c) Penguatan karakter melalui kurikulum ta’limi, tarbawi, tahfidzul quran &hadist, kajian kitab kuning, manajemen qolbu dan muhasabah, (d) Proses pembelajaran yang membangun orientasi, menciptakan persepsi untuk menghargai perbedaan, kecerdasan emosi,ketaatan dan ketawadluaan, kapasitas berkomunikasi, berpikirkreatif, dan berpikir kritis. (3) model pembelajaran pendidikan keagamaan Islam multikultural dalam resolusi konflik santri melalui (a) model interaksi sosial dengan pola kerjasama,bergening, akomodasi, konsolidasi, dan kompetisi,(b) pemrosesan informasi dengan diskusi, bahsul masa’il, dan kholaqoh ilmiah, (c) personal model dengan pola keteladanan, motivasi, pembiasaan, pengembangan minat dan bakat,(d) modifikasi tingkah laku dengan pola kedisiplinan, taat aturan, pemberian tugas dan tanggung jawab kepesantrenan, kepemimpinan, reward punishment. Langkah resolusi konflik santri mengembangkan model William Ury, yaitu (a) menyalurkan berbagai ketegangan yang bersifat laten menjadi kegiatan keagamaan/akademik/kepesantrenan yang produktif, (b)menyelesaikan bentuk-bentuk konflik secara dini, (c) Mencegah potensi konflik melalui kebijakan yang responsif dan komprehensif, (d) Membina penerapan nilai-nilai pendidikan islam multicultural berdasarkan Pancasila. Temuan formal penelitian ini adalah model pendidikan keagamaan Islam Multikultural sebagai upaya penyelesaian kenakalan santri berbasis civic virtue and civil society Multikultural Berdasarkan Islam Rahmatan LilAlamin.