Ada sejumlah masalah yang menjadi bahan kajian dalam penelitian ini; Pertama, tentang perbedaan latarbelakang ideologis keagamaan dalam kehidupan mahasiswa, apakah perbedaan orientasi ideologis keagamaan yang ada (Tarbiyah-Ihwanul Muslimin, Salafi, Hizbut Tahrir Indonesia, Ahli Sunnah Wal-Jama’ah, dsb) yang menjadi landasan bertindak itu memperlihatkan semangat yang serba kontradiktoris, ataukah dalam tahap terbatas bersifat saling mengisi (komplementer). Jika sifatnya kontradiktoris, dalam bidang apa saja perbedaan kognisi itu mengundang kecenderungan konflik latent yang membahayakan masa depan demokrasi di Indonesia. Sebaliknya, jika memiliki kesamaan terbatas, dalam wacana apa saja pemahaman ke-Islam-an itu dapat dipertemukan. Kedua, bagaimanakah pandangan-pandangan mahasiswa muslim yang memiliki perbedaan akar ideologis itu menanggapi isu-isu besar seperti: Multikulturalism, Pluralism, Kesetaraan Gender, Demokrasi, HAM, Pancasila, Negara Islam, dan sejenisnya yang secara riil menjadi fakta sosial di Indonesia.