Akuntabilitas Kinerja Instansi Pemerintah adalah perwujudan kewajiban suatu Instansi Pemerintah untuk mempertanggungjawabkan keberhasilan dan kegagalan pelaksanaan dalam mencapai sasaran dan tujuan yang telah ditetapkan melalui laporan Kinerja Instansi Pemerintah yang disusun secara periodik. Penelitian ini bertujuan untuk Menganalisis Faktor Sistem Akuntansi Daerah, Pengendalian Intern dan Sistem Pelaporan Terhadap Akuntabilitas Kinerja Instansi Pemerintah. Metode pengambilan sampel yang digunakan adalah purposive sampling. Populasi penelitian ini adalah 15 SKPD di Kota Tual dan jumlah sampel 82 responden. Analisis yang digunakan adalah regresi linier berganda. Instrumen penelitian ini mengunakan kuesioner. Berdasarkan hasil uji F menunjukkan bahwa Sistem Akuntansi Daerah, Pengendalian Intern dan Sistem Pelaporan berpengaruh signifikan terhadap akuntabilitas lembaga pemerintah. Derajat pengaruh masing-masing variabel independen terhadap variabel dependen dapat ditentukan dengan melakukan uji parsial (t-test). Hasil penelitian menunjukkan bahwa Sistem Akuntansi Daerah, Pengendalian Intern dan Sistem Pelaporan memiliki pengaruh yang signifikan terhadap Akuntabilitas Kinerja Instansi Pemerintah. Kata Kunci : Sistem Akuntansi Daerah, Pengendalian Intern dan Sistem Pelaporan, Akuntabilitas Kinerja Instansi Pemerintah