Kecerdasan Spiritual (Spiritual Quotient) adalah satu bentuk kecerdasan yang sifatnya batiniyah dan ruhaniyah yang menempatkan diri seseorang hanya tergantung kepada Allah. Kecerdasan ini merupakan kecerdasan tertinggi yang memberi makna ibadah terhadap setiap perilaku dan kegiatan. Kecerdasan spiritual peserta didik perlu ditingkatkan karena bangsa Indonesia saat ini mengalami krisis multidimensional yang cukup memprihatinkan. Fenomena lahirnya praktik korupsi, kekerasan seksual, penggunaan narkoba, tawuran dan lain sebaginya. Permasalahan tersebut merupakan dampak tertutupnya sikap religius, kejujuran, keadilan, tanggung jawab dan kasih sayang. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui bagaimana pembelajaran Pendidikan Agama Islam (PAI) dalam meningkatkan kecerdasan spiritual peserta didik melalui metode pembiasaan, kecerdasan spiritual peserta didik, dan karakteristik pembelajaran PAI di Madrasah Aliyah Negeri (MAN) 1 Kabupaten Malang. Penelitian ini merupakan penelitian lapangan dengan menggunakan pendekatan kualitatif. Teknik pengumpulan data yang digunakan dengan observasi, wawancara dan dokumentasi. Proses analisis data menggunakan teori Miles dan Huberman yaitu pengumpulan data, reduksi data, penyajian data dan verifikasi data. Pengecekan Keabsahan data menggunakan triangulasi data. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pembelajaran Pendidikan Agama Islam (PAI) dalam meningkatkan kecerdasan spiritual melalui metode pembiasaan terbagi menjadi tiga tahapan, perencanaan, pelaksanaan dan evaluasi. Pelaksanaan pembelajaran PAI dilakukan melalui kegiatan intrakuriker, kokurikuler dan ekstrakurikuler. Pembelajaran intrakurikuler menggunakan beberapa metode yang bervariatif, antara lain: metode keteladanan, tanya jawab, diskusi dan praktik. Metode pembiasaan dilakukan dengan beberapa strategi, yakni: penanaman nilai-nilai islami, aktivitas-aktivitas islami dan simbol-simbol islami. Kecerdasan spiritual peserta didik di Madrasah Aliyah Negeri (MAN) 1 Kabupaten Malang; hormat dan patuh kepada pendidik, saling menghargai, motivasi atau semangat belajar yang tinggi, tekun dan sabar dalam proses pembelajaran dan pengembangan diri, sopan santun dan disiplin yang tinggi. Karakteristik dalam pembelajaran Pendidikan Agama Islam (PAI), yakni pendidik dan semua warga madrasah sebagai role model bagi peserta didik, reward dan punishmen bagi peserta didik dan kerja sama yang baik dengan pihak luar.