Hubungan parameter fisikokimia dari 15 senyawa aktif Boesenbergia pandurata dalam menghambat enzim main protease SARS-CoV-2 diprediksi melalui model Hubungan Kuantitatif Struktur-Properti (HKSP). Semua senyawa aktif diperoleh dari basis data. Parameter fisikokimia meliputi sifat lipofilik, elektronik dan sterik ditentukan dengan ChemDraw sedangkan prediksi aktivitas diambil dari penelitian sebelumnya. Hubungan kuantitatif dari parameter fisikokimia dan aktivitas dianalisis menggunakan regresi linier berganda dengan SPSS. Persamaan terbaik dipilih berdasarkan nilai r, R2, SE, F, dan .sig. Persamaan yang diperoleh sebanyak 41 persamaan dan persamaan terbaiknya yaitu ΔG= (-0,476*log P) - (0,022*ELUMO) - (0,019*BM) - 1,121 (n= 15; r= 0,972; R2= 0,946; SE = 0,281; F= 63,712; .sig = 0,000). Parameter yang diprediksi paling berpengaruh secara simultan dan signifikan terhadap aktivitas dalam menghambat enzim main protease SARS-CoV-2 adalah Log P, ELUMO dan berat molekul.