Sistem akuaponik merupakan salah satu sistem terintegrasi antara akuakultur dengan hidroponik. Dimana limbah budidaya ikan berupa sisa metabolisme dan sisa pakan dijadikan sebagai nutrisi untuk tanaman. Tanaman yang digunakan dalam penelitian ini adalah pakcoy merah. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui pengaruh sisa pakan dan kotoran ikan nila, lele dan mas pada sistem akuaponik terhadap pertumbuhan dan hasil tanaman pakcoy merah (Brassica rapa var. Chinensis). Penelitian ini dilaksanakan pada bulan November 2020 – Februari 2021. Lokasi penelitian di Kebun Percobaan Fakultas Pertanian Universitas Islam Malang. Rancangan penelitian yang digunakan adalah rancangan acak kelompok (RAK) sederhana dengan 3 perlakuan , yaitu akuaponik ikan nila (A1), akuaponik ikan lele (A2), dan akuaponik ikan gurame (A3). Jumlah sampel yang diamati sebanyak 3 tanaman dengan setiap perlakuan diulang sebanyak 7 kali. Sehingga jumlah keseluruhan sampel yang diamati adalah 63 tanaman. Penelitian ini menggunakan sistem resirkulasi Deep Flow Technique (DFT). Hasil penelitian menunjukkan bahwa perlakuan sisa pakan dan kotoran ikan nila memberikan pertumbuhan terbaik. Pada perlakuan sisa pakan dan kotoran ikan mas memberikan pengaruh terbaik terhadap hasil tanaman pakcoy merah yaitu bobot segar (4,06 gram) namun hasil kadar klorofil dan vitamin C pada perlakuan sisa kotoran ikan mas paling rendah.