Domba Sapudi dan Garut merupakan domba lokal di Indonesia, banyak dipelihara sebagai penghasil daging. Produktivitas kajian ekspresi fenotipe dari dua bangsa tersebut belum banyak dilakukan. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui ekspresi fenotipe dan genetipe pada domba Sapudi dan Garut, dan perbedaan antara ekspresi gen GDF9 dengan sifat fenotipe pada domba Sapudi dan Garut. Metode penelitian yang digunakan adalah metode deskriptif kuantitatif dengan mengambil studi kasus di dua kandang yaitu UPT Pembibitan ternak dan HMT di Jember dan Peternakan Anak Seribu Pulau Farm Kangploso Malang. Sedangkan ekspresi gen GDF9 dilakukan dengan metode analisa qPCR, materi yang digunakan untuk pengambilan data kuantitatif sebanyak 48 ekor domba pejantan yang terdiri dari 14 domba Garut dan 34 domba Sapudi. Sedangkan untuk analisa qPCR menggunakan primer gen GDF9 dengan sampel sebanyak domba Sapudi 4 ekor dan Garut 4 ekor. Analisa data menggunakan analisa uji-t tidak berpasangan. Variabel yang diamati adalah sifat fenotipe yang meliputi panjang badan (PB), lingkar dada (LD), dan tinggi badan (TD) dan ekspresi gen GDF9. Berdasarkan hasil analisa uji-t tidak berpasangan menunjukkan bahwa karakteristik sifat fenotipe domba Sapudi dan Garut terdapat perbedaan sangat nyata (P<0,01). Berdasarkan penelitian terdapat perbedaan ekspresi sifat fenotipe domba Sapudi dan Garut pada panjang badan (Sapudi 63,21a±3,39; Garut77,71b±5,66) cm, lingkar dada domba (Sapudi 76,15a±3,81; Garut 83,00b±8,75) cm dan tinggi badan (Sapudi 64,96a±3,97; Garut 73,50b±5,60) cm. Terdapat perbedaan sangat nyata (P<0,01) sifat genotipe dari hasil qPCR gen GDF9 antara bangsa domba yaitu domba Sapudi 31,66±5,61 dan Garut 23,70±2,40. Berdasarkan penelitian dapat disimpulkan ada perbedaan ekspresi fenotipe domba Sapudi lebih rendah dari pada domba Garut demikian juga ekspresi genotipe berdasarkan gen GDF9. Ada perbedaan ekspresi fenotipe 15,03% dan genotipe 33,58% berdasarkan gen GDF9 yaitu domba Garut lebih tinggi dari pada domba Sapudi. Sedangkan saran penelitian tingginya ekspresi sifat fenotipe dan genotipe pertumbuhan (GDF9) dapat dijadikan bahan pertimbangan sebagai marka gen dalam menyeleksi ternak domba pejantan, dan perlu penelitian lanjutan tentang kajian gen GDF9 pada domba betina kaitannya dengan genotipe.